E poetikus együttlétben gyorsan múlnak a napok. Francesco egészen beletemetkezik az imádságba és elmélkedésbe. Gondolatai legszívesebben a Golgota ormán időznek. Hiszen a san damianói jelenet óta a kereszt misztériuma áll vallásos életének középpontjában. Sokat és sokszor gondol a kínszenvedés szívettépő jeleneteire és gyakran keserves könnyeket hullat miattok. Most a magányosság nagy csöndjében még fokozottabb intenzitással éli bele magát Mestere kínjainak szemléletébe. Szinte extatikus állapotba jut, melyet a szent kereszt fölmagasztaltatása ünnepének (szeptember 14.) közeledése még fokoz.
Az ünnep napján már kora hajnalban mély áhítatba merül. Kunyhója ajtaja előtt térdelve s kelet felé fordított arccal így imádkozik: "Óh Uram, Jézus Krisztus, arra kérlek, hogy két kegyelmet gyakorolj velem, mielőtt meghalok: az egyik, hogy amíg élek, amennyire lehetséges, érezzem lelkemben és testemben azt a gyötrelmet, melyet te, édes Uram, keserves kínszenvedésed alkalmával szenvedtél; a másik, hogy - amennyire lehetséges - érezzem szívemben azt a túláradó szeretetet, mely téged, Isten fiát, arra késztetett, hogy értünk, bűnösökért, oly szörnyű kínokat önként magadra vállalj."
Miután sokáig eseng így, értésére esik, hogy Isten teljesíti kívánságát. Ezen ígéretre "az áhítat heve annyira fokozódik benne, hogy a szeretet és szánalom egészen Krisztussá alakítja. S amint így, ebben a szemlélődésben lángol,... az égből hat tüzes és ragyogó szárnnyal egy szeráfot lát leszállani, mely szeráf gyors röpüléssel oly közel jön hozzá, hogy jól láthatja és megkülönböztetheti benne a keresztrefeszített ember képét. Szárnyai úgy vannak elosztva, hogy két szárny a feje fölé terjeszkedik, kettő röpülésre szolgál s a hátralevő kettő egész testét betakarja. Francesco megretten láttára s szívét örömmel és csodálkozással vegyes fájdalom marcangolja. Fölötte örül ugyanis Krisztus kegyes ábrázatának, mely ily nyájasan jelenik meg neki s ily jóságosan tekint rája, de másrészt meg a részvét kimondhatatlan fájdalmát érzi, mivel megfeszítetten látja őt."
"Azután azért is csodálkozik a bámulatos és rendkívüli látomáson, mert jól tudja, hogy a szenvedés gyarlósága nem fér össze a szeráfi lélek halhatatlanságával. A jelenés tehát kinyilatkoztatja neki, hogy ez a jelenés azért tűnik föl neki ilyen formában, hogy megértse, hogy ebben a csodálatos jelenésben nem testi mártírium, hanem lelki lángolás által kell a keresztrefeszített Krisztus hasonmásává átalakulnia."
"Mikor a csodálatos látomás eltűnik, Szent Ferenc szívében a túláradó gerjedelem és az isteni szeretet tüzét, testében pedig Krisztus kínszenvedésének csodálatos képét és pecsétjét hagyja. Minek okából kezein és lábain azonnal feltűnnek a szegek nyomai úgy, ahogyan a szeráf képében megjelent keresztrefeszített Jézus Krisztus testén látta. Kezei és lábai eszerint közepükön szegektől általütötteknek tetszenek. A szögek feje a tenyereken és a lábfejek felső részén domborodik, hegyük a kézfejeken és a talpakon van s a húsból kinyúló részük annyira visszahajlott, hogy görbületeikbe mint valami gyűrűbe, az ujjat könnyen be lehetne dugni. A szögfejek kerekalakúak és feketék. A jobboldalon hasonlatosképpen egy forradatlan piros és véres lándzsaseb jelenik meg, mely utóbb Szent Ferenc szent melléből gyakran vért szivárogtat s csuháját és alsóruháját is összevérzi."
Így a poverello a stigmatizáció szent misztériuma révén testben is hasonlóvá lesz szeretett Mesteréhez. A ,szentséges sebhelyek'' történeti valóságában nem lehet kételkedni. Annyi és oly meggyőző bizonyság áll rendelkezésünkre, hogy még a legtúlzóbb hiperkritika is kénytelen velök szemben kapitulálni. Legnyomósabb ezek között magának a szentnek rögtön a stigmatizáció extatikus hangulatában írott fönséges dicsérete, melynek nehezen kibetűzhető eredetije jelenleg az assisi S. Francesco kolostor egyik legdrágább kincse. A hálának és az örömteli elragadtatásnak olyan szenvedélyes lángja lobog az egyszerű köntösű költeményben, aminőre csak az Istenbetemetkezés legmagasabb fokára jutott szeráfi lélek képes. Szövege a következő:
"Te vagy egyedül szent, Úr Isten, ki csodákat művelsz. Te erős vagy. Te nagy vagy. Te fölséges vagy. Te mindenható vagy szent Atyánk, égnek és földnek királya. Te háromság vagy Úr Istenünk és egység és minden jóság. Te jóság vagy, minden jóság, legfőbb jóság, élő és igaz Úr Isten. Te szeretet vagy, tiszta szeretet. Te vagy a bölcsesség. Te vagy a türelem. Te vagy a biztonság. Te vagy a nyugalom. Te vagy az öröm és örvendezés. Te vagy az igazság és mérséklet. Te vagy minden gazdagságunk és elégségünk. Te vagy a szelídség. Te vagy védelmünk. Te vagy őrzőnk és védelmezőnk. Te vagy az erősség és menedék. Te vagy a mi reményünk. Te vagy a mi hitünk. Te vagy a mi nagy édességünk. Nagy és csodálatos Úr, mindenható Isten és könyörülő Megváltó vagy."
A drága ereklye hátsó oldalán ugyancsak a szent eredeti kézírásában ez a Leone testvérnek szóló áldás olvasható: "Áldjon meg téged az Úr és őrizzen meg téged. Mutassa neked orcáját és könyörüljön rajtad. Fordítsa hozzád orcáját és adjon neked békességet. Az Úr áldjon meg téged Leo testvéri." E szavak után következik a nagy T betű, a kereszt szimbóluma, melyet Francesco kézjegyül használ és alatta koponya.
E minden kétségen felül álló történeti dokumentum bizonyító erejét még fokozza, hogy Leo testvér az áldás fölé írott finom gyöngybetűs soraiban pontosan elmondja a dicséret keletkezésének körülményeit: "Szent Ferenc két évvel halála előtt Alverna hegyén negyvennapos böjtöt tartott Isten Anyja, a Boldogságos Szűz Mária és Szent Mihály arkangyal tiszteletére, Nagyboldogasszonytól Szent Mihály ünnepéig. És az Úr keze érintette őt: a szeráf megjelenése és a vele való beszélgetés és Krisztus sebhelyeinek testébe nyomása után a túloldalon olvasható dicséretet készítette és sajátkezűleg leírta, így adván hálát Istennek a vett jótéteményért." Az áldás után pedig ezt olvassuk: "Ezen áldást Szent Ferenc sajátkezűleg írta nekem, Leo testvérnek."
Francesco a megrendítő esemény után még nagyobb áhítattal és még több bensőséggel folytatja tovább a negyvennapos böjtöt. Sebhelyeit eleinte még bizalmas barátai előtt is gondosan rejtegeti. De csakhamar belátja, hogy a titok teljes megőrzése lehetetlen. Ha más nem, a ruháin gyakran mutatkozó vérfoltok előbb-utóbb el fogják árulni. Mindamellett fél Isten titkait nyilvánosságra hozni és sokáig nem tudja eldönteni, vajon el szabad-e mondania a szeráfi látomást és a szentséges sebhelyek vételét. De Illuminato testvér biztatására, hogy a vett jótéteményeket nemcsak magáért, hanem másokért is kapta, végre mégis megembereli magát és nagy szorongások közepett elmondja a látomás módját és alakját. De egyúttal hozzáteszi, hogy Krisztus a jelenés alkalmával olyanokat is mondott neki, melyeket életében soha senkivel sem közölhet.
A böjt végeztével megoszlik a kicsiny társaság. Masseo testvér Angelo, Illuminato és Silvestro testvérekkel visszamarad a szenthegyen, Francesco pedig Leone testvér kíséretében már szeptember 30-án visszaindul Assisiba. Nehéz szívvel válik meg szent örömeinek kicsiny tanyájától. Érzi, hogy nem látja többé viszont. Szeméből könnyek patakzanak, miközben ajkai áldást rebegnek: "Éljetek békében, kedves fiaim! Isten áldjon benneteket, drágalátos gyermekeim! Testem távozik ugyan tőletek, de szívemet nálatok hagyom. Elmegyek Isten juhocskájával; a Santa Maria degli Angelihez megyek s nem térek többé vissza. Távozom innen. Ég veled. Ég veletek. Ég veled hegy. Addio, addio, Monte Verna! Isten veled, angyalok hegye! Isten veled, drágalátosom! Isten veled, drágalátosom! Köszönöm sólyom testvér hozzám való jóságodat! Isten veled, Isten veled, függő szirt, már nem megyek többé látásodra! Isten veled, kőszikla! Addio, addio, addio meredek sziklafal, mely kebledre öleltél, mikor a sátán oly csúfos kudarcot vallott! Sohse látjuk többé egymást! Isten veled, Santa Maria degli Angeli! Anyja az örök Igének, íme oltalmadba ajánlom fiaimat!"
E szavakkal végleg búcsút int zokogó társainak, akik úgy érzik, mintha mindannyiok szívét magával vinné s Leone testvér és egy jámbor paraszt társaságában lassan lefelé indul. Mivel szögekkel átvert lábaival nem bírja a gyaloglást, a paraszt szamarán vág neki a hosszú útnak. Tekintete minduntalan visszatér a kedves bércekre, melyekhez immár életének legszentebb emléke fűzi. Minél messzebbre távolodik tőlük, annál szívesebben mereng el ködbe, felhőbe temetkező körvonalaikon.
A Monte Foresto (=Casella) ormán, az utolsó helyen, honnét még elér tekintete a mind jobban elmosódó csúcsig, leszáll szamaráról, térdre borul s forró imádság után megáldja a szent hegyet s e szavakkal int neki végbúcsút: "Ég veled Isten hegye, szent hegy, mons coagulatus, mons pinguis, mons in quo beneplacitum est Deo habitare. Addio Monte Alverna. Áldjon meg az Atya Isten, a Fiú Isten, a Szentlélek Isten! Béke veled! Nem látjuk többé egymást." Utána még hosszan elmereng a távolság ködén át bizonytalanul szétfolyó körvonalakon, azután tovább indul s Alverna, az új Golgota végképp belevész a messzeségbe.